胃肠外科一直以来是衡阳市中心医院技术力量最强的科室之一，是湖南省重点专科——普通外科的重要组成部分。目前开放住院病床40张，是集预防、医疗、教学、科研于一体的高水平治疗、教学、研究中心。

科室共有医护人员24名，拥有高级职称医师8名，PICC专科护士及国际造口治疗师各1名。科室骨干人员都曾先后赴北京、南京、广州、福建、浙江等知名医院进行研修学习和工作，具有丰富的临床经验。率先并规范化开展胃肠道手术后肠内营养支持治疗，形成了湘南地区最规范、最权威的胃肠外科中心。配备高清4K腹腔镜、3D腹腔镜，超声刀系统、磁胶囊内镜、海博刀系统、电子扇扫超声内镜、高清电子放大胃镜、高清电子肠镜、同位素、1.5T超导核磁共振等高端设备。